Подход "кандидатных генов" и метаанализ при идентификации аллелей группы риска

В последние 15 лет наблюдается экспоненциальный рост числа исследований, посвященных выявлению генов-кандидатов для возникновения ИБС. Однако отсутствие воспроизводимости данных по аллелям кандидатных генов и их связи с риском ИБС заронило сомнения среди представителей эпидемиологической генетики. Большая их часть относится все же к исследованиям какой-нибудь одной однонуклеотидной замены, которая может оказаться простым полиморфизмом и ничего не означать. В настоящее время подобные исследования сводятся к так называемому метаанализу, анализирующему ту или иную нуклеотидную замену во многих популяциях. За последние годы опубликовано несколько метаанализов (табл. 1).
Таблица 1
Список генных вариантов с опубликованными результатами по метаанализу риска развития ишемической болезни сердца. При нескольких проведенных анализах на одном и том же генном варианте показана только ссылка на последние результаты 

Ген (варианты)

Генотип, ассоциированный с риском

Количество исследований (количество случаев)

Эффект (95% ДИ)

Ссылка

AT1R (1166А >С)

С+

27 (10,180)

1,13 (1,04- 1,23)

Ntzani et al., 2007

ММРЗ (5А/6А)

5А+

8 (3655)

1,26 (1,11- 1,4)

Abilleira et al., 2006

ММР9 (1562С >Т)

Т+

5 (4817)

1,11 (1- 1,3)

Abilleira et al., 2006

АроЕ &epsilon-2, 3, 4

2+ 4+

121 (37,850)

0,8 (0,70- 0,90)

1,06 (0,99- 1,13)

Bennet et al., 2007

LTA (10G >А)

А+

7 (10,996)

1,09 (1,02- 1,16)

Clarke et al., 2006

LPL (N291S)

S+

21 (1203)

1,48 (1,09- 2)

Hu et al., 2006

AGT (Т174М) (М235Т)

М+

Т+

43 (13478)

1,07 (0,93- 1,22)



1,11 (1,03- 1,19)

Xu et al.. 2007

F5 (1691G >A)

F7 (10976G >A)

F2 (20210G >A)

PAI1 (4G/5G)

GP1A (807C >T)

GP1BA (5T >C)

GP3A (1565 C >T)

А+

А+

А+

5G+

Т+

С+

Т+

60 (15,704)

24 (7444)

40 (11,625)

37 (11,763)

15 (6414)

14 (6652)

43 (16,984)

1,17 (1,08-1,28)

0,97 (0,91-1,04)

1,31 (1,12-1,52)

1,06 (1,02-1,1)

1,02 (0,97-1,08)

1,05 (0,96-1,13)

1,03 (0,98-1,07)

Ye et al., 2006

IL6 (174G >С)

С+

8 (4799)

1,12 (0,97- 1,29)

Sie et al., 2006

F13 (V34L)

L+

12 (8743)

0,79 (0,66- 0,93)

Shafey et al., 2007
Один из наиболее изученных генов кодирует плазменный аполипопротеин E, который называется ApoE. Наиболее распространенный ApoE-аллель - Е3. Также существуют два других варианта - Е4 и Е2 (распространенность данных аллелей среди жителей Европы составляет 0,15 и 0,07 соответственно). Изменения последовательности ДНК этого гена затрагивают две заряженные аминокислоты, которые влияют на плазменный клиренс белка и богатых ХС липопротеидов, несущих этот белок. Как следствие (рис. 1), существует связь данных аллелей с уровенем плазменных липидов (аллель E2 снижает их концентрацию, а Е4 - повышает), это приводит к тому, что алелль Е2 несколько снижает риск развития ИБС, а Е4 незначительно его повышает.
Метаанализ влияния генотипа ApoE на липиды плазмы и риск развития ИБС. Для каждого исследования контрольную группу составляли некурящие люди с генотипом 3 3. Изменено (с разрешения): Bennet A.M., Di Angelantonio E., Zheng Y. et al. Association of apolipoprotein E genotypes with lipid levels and coronary risk // JAMA. - 2007. - N. 298. - P. 1300-11.
Рис. 1. Метаанализ влияния генотипа ApoE на липиды плазмы и риск развития ИБС. Для каждого исследования контрольную группу составляли некурящие люди с генотипом 3 3. 
Изменено (с разрешения): Bennet A.M., Di Angelantonio E., Zheng Y. et al. Association of apolipoprotein E genotypes with lipid levels and coronary risk // JAMA. - 2007. - N. 298. - P. 1300-11.
Silvia G. Priori, Carlo Napolitano, Steve E. Humphries и James Skipworth
Генетические аспекты сердечно-сосудистых заболеваний

Похожее